Introducción: Los piensos que consumen los animales tienen una profunda influencia en el status fisiológico de todas las etapas de desarrollo, siendo de gran importancia el control de su calidad microbiológica. El objetivo de este trabajo fue la evaluación de la calidad  higiénica microbiológica del proceso productivo y de los alimentos balanceados producidos para animales de laboratorio así como su inocuidad durante el almacenamiento. Materiales y Métodos: El plan experimental se realizó en la Fábrica de Alimentos del CENPALAB en diferentes etapas del   proceso de producción, materias primas utilizadas y  de los alimentos balanceados  producidos para roedores gnotobióticos, conejos y ovinos ubicado en los almacenes de la fábrica durante 45 días de dos lotes de producción en dos ciclos productivos. Los indicadores de calidad higiénico microbiológico evaluados fueron: microorganismos viables, microorganismos coliformes totales, hongos, levaduras y la presencia de Salmonella sp. Resultados y discusión: El hisopaje sanitario de la fábrica indicó la existencia de condiciones higiénicas favorables del sistema productivo por no detectarse presencia de contaminación microbiológica por encima de los parámetros permisibles y patógenos. La calidad higiénica microbiológica de las materias primas y los  alimentos balanceados  cumplió con los requisitos establecidos para los animales utilizados en la experimentación. Conclusiones: La calidad integral del alimento evidenció un deterioro progresivo no significativo en el transcurso de su almacenamiento. Al concluir el periodo de almacenamiento de 45 días el alimento mantenido en la fábrica de piensos y en las áreas de producción evaluadas se encuentra apto para su consumo.